华山是东方某个小国的公主，因为东方有一句古谚“天位之女将灭其家”所以要找一个有“天位之气”的丈夫，因此家臣们都反对华山世袭，华山的父母在不得已之下，只好要求她自己去招亲……依佛拉是人工制造的第三杀神者，在约毗和史派克初次决斗的那一天，她便因搜寻且连结到新的业障而成了杀神者……

特异现象阿尔加农与超生命体进化人的出现，是生态革命的开始……　　萤汰的高中来了一个转学生，她是萤汰青梅竹马，也是曾不断出现在萤汰不可思议梦境中的美少女-火乃纪。然而火乃纪突然呼叫出一架名为觉醒人1号的机器人，并搭上它直奔发生大屠杀事件的地下游乐场。　　在什么都不知道的情况下，迷路到了这个游乐场的萤汰，在这里遇见了火乃纪。…

千年前的降魔师役小角拥有极为高强的咒力，他役使鬼神“前鬼”打败了暗黑神“羯磨”（カルマ），之后将前鬼封印起来，直到世间再度弥漫邪气它才会苏醒。千年后的式神町，一个欲望熏心的男人解开了“寄生果”上的封印。小角的后代、高中女生役小明解除了前鬼的封印，以它的力量消灭寄生兽、解救被寄生果附身的人。

专针对警察的连续杀人案件发生了，警察内部引起巨大的回响。对于想得到案件情报的小五郎，目暮警部却意外地守口如瓶。看到如此情况的柯南，联想到事情可能和警察部有莫大的关系。然后，下一个被枪击的目标居然是佐藤刑警!刚巧在案发现埸出现的小兰受到案件的刺激而被弄至失忆!犯人为了杀人灭口，于是企图把唯一的目击证人杀害!深知情况严重的柯…

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏…

毛利侦探事务所突然接到一通威胁电话。之后，路上的汽车就在小五郎的眼前爆炸了！“蓝色的少年与蓝色的斑马，从天而降的雨……”根据犯人寄来的挑战书，若不能解读谜之暗号，便无法阻止接下来的爆炸。小五郎和毛利兰在米花市内来回奔走，却完全找不到破解暗号的方法。另一方面，此时的江户川 柯南与灰原和少年侦探团一起，沉浸在观看最爱的足球…

怪盗基德再度发出预告信，目标竟然是俄罗斯-罗曼诺夫王朝的皇室秘宝“记忆彩蛋”。柯南与服部联合保护“记忆彩蛋”，但把作案时间推理错误，令基德得逞，但基德于逃走中途被狙击。 自此引出一连串疑问，名侦探柯南，将于大阪解开一连串事件。

柯南用新一的身份在电话不自愿地约会了小兰，陪她看5月3日的午夜场电影，以便请求小兰替他参加森谷帝二教授举办的茶会。柯南为此十分烦恼，不知如何掩饰他变小的事实。r柯南目送小兰离开后，为此烦恼的柯南接到一个电话，是来历不明的炸弹客挑战柯南！少年侦探团收到的引爆遥控飞机、被安装了炸弹的装小猫的篮子，还有环状线的的炸弹陷阱，大家…

刚升上高中一年级的佐藤一郎，某天在晚上潜入学校拿东西时，遇见了身穿蓝色斗篷，拿着金属杖的美少女。自从遇到她之后，佐藤期望的平稳学生生活渐渐的离他而去。

在美国曼哈顿举行的艺术品拍卖会上，一度被认为毁于二战空袭的梵高亲笔临摹向日葵系列2号画作惊艳登场。谁知怪盗基德从一开始便锁定该画作，他不仅大闹会场，还为了抢夺画作而险些炸毁运送专机。