- 经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。
- 将被称为“精灵”的生命体，当成理所当然的存在的虚构世界— Polyphonica（中译：波利佛尼卡），和我们地球的真实世界有着平行世界般的关连。因此，也有真实世界历史上实际存在过的人（例如：但丁、贝多芬）出现在波利佛尼卡大陆上。波利佛尼卡大陆的科学等级，大致介于地球的现代与近未来之间。跟地球科技产物类似的物品，也大多都存在着。另外…
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- 为了成为合格的神奇宝贝训练师，小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真 配音）、艾莉丝（悠木碧 配音）带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛，并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼（水树奈奈 配音）。 早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡…