SHUFFLE第二季如果要说，根本无法说的上是第二季，只能称得上是第一季的总结，总共12话，1－11话内容完全重复，分别介绍了每个女主角的经历。第12话是番外篇，也是真正实意上的OVA了。- 在被寿司热潮席卷的近未来世界里，充斥着与日本人观念中的传统寿司大相径庭的「错误寿司」。对此不忍直视的日本政府向世界各国发出号召，成立了保护本国饮食文化与促进交流的组织「世界饮食文化保存机关」（World Food-culture Conversation Organaization、略称：WFCO），并赋予第9课（通称「寿司警察」）取缔错误寿司的任务。他们为了守护寿司…
- 在近现实世界的日本，有一位看似平凡的少女黑衣麻陶，开始了她新一年的中学生活。这时，一位名为小鸟游优美的同班同学吸引了她的注意。对方起初不欲作深层交往，后来却因为彩虹小鸟的话题，而被麻陶见到了小鸟游受委屈的一面……充满怪异的世界中，一群人生活于眼泪般蔚蓝的天空之下，每天都如同战士般进行着明争暗斗，仿佛正为他人承受遇到的苦…