鲁邦三世又给警察发去了通告，钱形警督开始组织刑警逮捕鲁邦，而峰不二子出现在一个神秘的男子身边。与此同时，少年侦探队盯上了海外超人气偶像，他们二者之间有什么联系呢？柯南再度大展神通。

邪恶的机器狂博士指使强大的机器兵团侵占了美丽和平的惑星王国，并将善良的人们变成了他的奴隶，就连索尼敬爱的查克叔叔也不幸变成了机器人，索尼利用叔叔留下的机器将自己改造成为音速小子。

满月之夜的钻石偷盗事件，犯人摆脱了警察的包围网华丽地逃走了，江户川柯南在独自追捕逃犯时遭遇了石川五右卫门的袭击,柯南这才明白这次的对手将是鲁邦三世，故事由此展开。