世界著名的制药公司戴达罗斯的巨大高楼被神秘组织装置了炸药而爆炸，大楼周围成为一片地狱的景象。一个少年被铁骨夹住，救助队束手无策，而那块铁骨有随时会崩落的危险。

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手小女孩皮诺可的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。

本作讲述的是间黑男年轻时所发生的故事。以20世纪60年代后半的国际形势（大学斗争和越南战争等）为背景，描绘了间黑男在取得医大在籍医师资格证后的学习时期发生的各种轶事，由于各种原因无执照进行手术的过程，及高中时期开始以“黑杰克”的身份进行的活动等。

在奥运会上一批名不见经传的新选手屡屡打破世界纪录，甚至是女选手打破男子纪录。这些人被媒体称为超级新人类。两年后，秦博士两年前医好的病人神秘死亡，秦发现她竟然也是超级新人类。不久秦被迫接受了一位女士的委托，与一个医疗研究小组合作研究世界范围内的超级新人类的通病--梅勒症。不久，秦发现所有的超级新人类其实是被注射了一种从沙漠…

1996年全球陷入奥林匹克的狂热中。田径场上、泳池边等等10种以上的竞技，创下一个接着一个的世界纪录。人人疯狂的传递这些消息、这些创下远超过人类的常识范围的记录的选手，被称赞为「超人类」。这时，没有医生执照的黑杰克的电话录音机里，常常听见既未留下性名也未告知病状的女生留言：请务必与我连络，我会为医生准备好空白支票。我的电话号…

故事向前追溯到1968年，当学生运动愈演愈烈之际，某大学的医学部出现了一个奇怪的男子。他有着黑白相间的头发，全身到处都是伤痕，而带着伤疤的脸也成为注册商标。这个男人为了获得医师资格证而学习，他的名字是间黑男，并且他通过自己天才的能力，创造了无数的奇迹。并且被后人称为黑杰克。

21年前，在未爆炸弹事故中濒死负重伤的间黑男。在不屈的复健治疗中复活，现在作为天才外科医生“黑杰克”活跃在医学界。某天，没有音信的父亲突然出现了。舍弃了母亲和年幼的黑男的父亲在21年后再会。紧接着，黑杰克的家遭人爆破。不久后，黑杰克诞生的背后隐藏着冲击的事实变得明朗。动摇世界的巨大阴谋与他自身命运的战斗现在开始！

OVA版共十二集，基本每集是单独的故事。1993至2000年间相继发布，并在96年和05年分别有一部剧场版，后续继续追加11集与12集。

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手--小女孩皮诺可（佩佩，贝贝）的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去