特利迦奥特曼与黑暗巨人的战斗结束数年之后，地球再次迎来了和平的年代。现在已经基本见不到怪兽的踪影了，怪兽带来的灾害影响也已经渐渐地淡出了人们的视线。人类已经开辟了火星移居地，并打算组建新的队伍开辟第二个火星移居地。地球上的人类开始了探索宇宙的征程，现在进入了新领域时代。结果，在探索的过程中，宇宙神秘生命体斯非亚突然出现…

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奇怪的声音在天空中回荡，凡是听到的人都会陷入昏迷，然后消失不见。这一现象引起专家小组精英胜利队的注意，于是，昴星队长派人前去调查。只不过没想到的是，在前方等待他们的是一支庞大的外星人大军以及“吉伯斯教授”。吉伯斯教授乘坐漆黑的堡垒飞船“佐尔加乌斯”来到了地球，他是一个企图扭曲宇宙的统治者。奏大为了保护队友变身成了的奥特…