来自真新镇的10岁少年小智以成为精灵宝可梦训练大师为目标，即将踏上修行之旅。要知道，精灵宝可梦训练师与宝可梦在冒险时总是时时刻刻在一起，可以说是共同成长的伙伴。而且在共同的生活中产生的彼此的友情力量会让宝可梦在战斗中更加强大。所以，拥有一只适合自己的宝可梦对于宝可梦训练师来说是多么重要！可是，小智因为早上赖床迟到，险些失…

无印篇在日本东京电视台始播于1997年4月1日，结束于2002年11月14日。包含了小智在关都地方、橘子群岛、城都地方的旅行。和小智一同旅行的有自行车被皮卡丘弄坏的小霞；以及原本是尼比市的道馆训练家，立志成为神奇宝贝培育家的小刚。在橘子群岛旅行期间，小刚留在了内木博士的研究所，作为神奇宝贝观察家的小建加入了小智一行。

本次的故事发生在全新的冒险舞台——“合众地方”。其蓝本是第五世代游戏（口袋妖怪黑白）。小智与皮卡丘和新伙伴艾莉丝、天桐一起展开为了追寻梦想和冒险以及和各种各样神奇宝贝的邂逅的旅行。

小智、皮卡丘、长尾怪手终于到达神奥地方。小智在打电话给大木博士的途中遇到了火箭队的突袭而同皮卡丘失散，便与长尾怪手立刻出发寻找皮卡丘的身影；另一方面，新人训练家小光的妈妈彩子曾是顶尖协调训练家，小光亦想成为顶尖协调训练家，于是由双叶镇出发展开路程。在其后，小智的同伴小刚归队，二人邂逅了小光。自此，三人一同结伴旅行。几经…