无节操道士白月初与呆萌狐妖苏苏的相遇，由萝莉从天而降砸在正太头上开始。之后他们携手重圆了一段段缠绵恻隐的千年爱恋，见证了一次次互相追寻的转世今生而。历经生死考验之后，苏苏与月初，他们自己又将何去何从？

故事描写因为某件怪事变得能看到立在他人头顶上FLAG的少年旗立飒太，在转入东京都内屈指可数的名门学校私立旗之谷学园后，一边折断着和校内女生们的恋爱FLAG，一边共同生活在同一屋檐下的学园恋爱故事。FLAG是GALGAME游戏术语，指代能够影响和攻略对象亲密关系的事件。

「旭丘分校」的学生，仅有五人。虽然学年性格各不相同，但大家一起做菜、一起捉虫、一起试着练习乐器……春夏秋冬四季变换的乡村生活，一直都那么让人兴奋。虽然一如既往地平和，但在欢笑和感动当中，心中也变得温暖起来。悠哉悠哉的几位成员所度过的日常，再一次开始了。

樱花飞舞的四月，全新的高中二年级，新的班级……眼神凶恶的普通男孩——高须龙儿，遇上了众人害怕、凶暴残忍的“掌中老虎”逢坂大河，还知道了她不欲为人知的秘密。这就是龙虎相争爱与战斗的序幕。再加上总是笑眯眯的超元气女孩栉枝实乃梨，以及文武双全、勤勉正直，不过却有点奇怪的眼镜班长北村佑作。这群家伙的恋爱怎么会有意想中的那么顺利…

由游戏原作1~3章剧情，再构成改编的全新故事。

如月伸太郎，因为居住在其电脑中的电脑少女Ene恶作剧而使键盘及鼠标故障，为了添购替代品而中止长达两年的自宅守备任务，与Ene一同出门，不巧在百货公司被卷入恐怖份子策划的事件。另一方面，如月伸太郎的妹妹人气偶像如月桃也正处于逃避疯狂人群的窘境，碰巧遇上拥有遮蔽目光能力的目隐团团长木户蕾。因为自己吸引目光的能力而苦恼的如月桃，认…

少女宫下藤花，当她察觉到“世界之敌”的时候便会诞生出另一个名为“不吉波普”的人格。围绕着各种奇怪的事件，少年与少女们的故事慢慢展开了——

爱好室内活动但是却有恐高症的雪村葵，某一天，重遇了热爱登山并经常鼓动身边之人的青梅竹马仓上日向，令葵勾起一些回忆。于是，在希望能再一次看到小时候看过的山顶日出这样心情的鼓动下，两人约定再次进行登山活动。于是葵不断的挑战着自己，并且在登上的过程中结识了齐藤枫以及青羽心夏，别切学到了不少登山基础知识的故事。

故事承接第一季剧情，葵在重遇喜欢户外活动的青梅竹马朋友日向后，再次进行登山活动，实现了再一次看到小时候看过的山顶日出这样想法，并且与枫和心夏成为了好朋友。而接下来，葵她们将不断的挑战着自己，决定登上富士山。

远离本土、漂浮在海洋中的“浦岛”。那里有让人错认为是天国的富裕的自然资源，以及有被复杂的过去和古老的习俗所束缚的人们生活着。在这块被本土抛弃、被逐渐遗忘的土地上，居民们几乎不抱任何希望地在生活着。突然某一天，一位自称“时间旅行者”的青年漂流到这座岛屿。除了“切那”这个名字和“某个使命”以外的记忆都丧失了的青年，与凛音、…