《龙樱2》改编自三田纪房的同名漫画，故事发生在2005年剧版《龙樱》的10年后，讲述从龙山高中退休后一直指导私立大学经营的樱木建二(阿部宽饰)，接受了再次陷入困境的龙山高中的邀请，回来带领学生奋斗。前作中扮演学生水野直美的长泽雅美，也将以教师身份重返母校。

在班里总是一个人待着、土气的宫村伊澄，和性格开朗，在班里也很有人气的优等生堀京子，虽然是截然相反的两个人，但他们各自都有不为人知的秘密。由于意外的事件两人成为彼此的秘密共有者，慢慢地缩短了距离。对他人不感兴趣，没有朋友的宫村的高中生活，以与堀的相遇为契机开始染上色彩。

故事以赤穗藩为舞台，讲述为了给在江户城松廊下伤人而被迫切腹谢罪的赤穗藩君主浅野内匠头报仇，四十七名浪人武士团结一致，向宿敌吉良上野介报仇……