《黑色孤儿》第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中。一旦Sarah发现了更多关于她的过去的事，神秘的新角色也随之而来，他们值得信任么？

随着上一季的结束，Castor克隆人不再构成威胁，克隆人姐妹们的生活似乎可以回归平静，但孕育于过往的险境出现了：一个名为Neolution的组织一直在牵动Leda、Castor、Dyad 和 Topside的命运。在离开冰岛安全屋后，Sarah遇到了神秘的新盟友，而这个人与这一切的开端有着密不可分的联系——Beth Childs。在黑客 Dizzy 的帮助下，Sar…