- 2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾…
- 《EVA 新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》。主要讲述了在碇原堂急于实施人类补完计划的过程中，SEELE与NERV之间展开了激烈的斗争，是剧场版系列的第二部。
- 《EVA 新世纪福音战士新剧场版1.11：序：YOU ARE (NOT) ALONE》。本作基于TV动画1-6话重新制作，而非续编。与TV版剧情大致相同，但也有许多改动。
- 《EVA 新世纪福音战士新剧场版2.22：YOU CAN (NOT) ADVANCE》。作为新剧场版的第二部，本片延续了前作《序》的剧情。但与第一部不同，《破》的剧情与95年TV版剧情相比有较大变化。
- 《EVA 新世纪福音战士新剧场版3.33：YOU CAN (NOT) REDO》。在第二部《破》的尾段，明日香不幸被第三使徒精神污染及侵食，生死未卜，但在最后的预告中却出现了戴着眼罩的明日香。而这样的独眼明日香就是驾着『改二号机』，在本作最先出场。时间已是《破》完结的14年之后，明日香28岁，而美里已经40多岁了！第三新东京市已消失……葛城美里带领着…
- 《EVA 新世纪福音战士剧场版：DEATH AND REBIRTH》，为剧场版系列的第一部。分为“DEATH篇”与“REBIRTH篇”两个部分。“死亡篇”是以TV版动画1-24话的内容为基础，重新剪辑的总集篇。“REBIRTH篇”则承接24话之后的内容：第十七使徒被消灭后，SEELE向NERV下达命令，要EVA初号机执行“人类补完计划”。然而碇元度不认同SEELE的做法，拒绝执…