目标成为幽灵猎人的天空寺 武，得到从亡父天空寺 龙送来的幽灵眼魂（Ghost Icon），却被盯上其物的异世界怪人眼魔杀死。为救青梅竹马，决定使用幽灵眼魂和Ghost驱使器变身，成为假面骑士Ghost以99天短暂的生命复苏。为了收集能实现愿望的15个伟人的眼魂...

45年前，一位男人被邪恶的秘密组织修卡改造，从那一天以来，这名男人为了守护人类的自由持续战斗。他的名字是本乡猛，是在这个世界最初诞生的假面骑士。在海外长年与邪恶周旋的猛，因为查探到一名少女的危机而紧急回国。少女的存在对于使修卡最高干部的地狱大使复活所不可欠缺，此外亦与寻找著修卡盯上少女之原因的天空寺尊（假面骑士灵骑）及其…

野宫透的生活平淡无波，在还没有经历过动人心魄的青春恋情的情况下就要这样长大成人了。在他失落之时，他与以前组乐队时的好友龙也重逢了，给他的生活带来了变化。不仅如此，他还在机缘巧合之下，读到了一首直击他内心的诗，使他鼓起了追求爱情的勇气。以这首诗为线索，他最终遇到了他的真命天女：诗的作者伊藤凪。但凪此时已不再作诗，而且她还…

在消灭108名恶路程式的三个月后，泊进之介（假面骑士驰骑）与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令，而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。不过这时天空寺尊（假面骑士灵骑）为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗，但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹，后来加上诗岛刚（假面骑士冥骑）与深海诚（…

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但那正左右他自身的命运的“重大的真实”有着连系关系。被堵住去路的艾克赛德与灵骑。谁能在这穷途末路的危机下拯救这两名…

故事发生在被天空之壁分为三区块的创骑的世界，竟然出现了艾克赛德世界的敌人——崩源体：为何不该出现在这的敌人会来到这世界？面对神秘敌人而毫无应对方法的战兔，一个身体半边被金属覆盖的神秘男人出现在他眼前。自称科学家的男人启动了巨大的机器，上空出现了倒立的另一个世界。

身份不明的游戏病毒生命体来袭，人类将陷入前所未闻的危机。病毒以恐怖的趋势扩大感染中，天空寺尊（假面骑士灵骑）也因为感染上这种病毒，失去了变身的能力。另一方面宝生永梦（假面骑士艾克赛德）追查敌人的真面目及感染源，但艾克赛德与灵骑却在关键时刻被敌人堵住了去路。在这穷途末路的危机下，这两名假面骑士及人类们都等待着英雄的出现，…

故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说起。曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究，不惜启动了名为恩尼格玛的机器，欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻，玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机，传说骑士们纷纷采取了行动。桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪，…