就读水明艺术大学附属高中的神田空太，一年级夏天时在宿舍养猫，而被校长叫去问话，并要求把猫赶走，不然就搬出宿舍。身为爱猫一族的空太，企图反抗权威，结果被撵出宿舍，流落到恶名昭彰的“樱花庄”。 隔年春天，随着世界级天才画家椎名真白搬进了樱花庄，神田空太开始过起被这名缺乏常识的少女耍得团团转的日子。

距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，二人感情亦日渐升温。最终…