- 小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历…
- 南海小岛上有个传说，火之神、冰之神、雷之神被人类触怒之时，就是世界毁灭的日子。疯狂的收藏家吉尔露太为了引出传说中的海之神洛奇亚，捕捉了亚西亚岛的火焰鸟，导致世界各地开始出现天灾地变的异象。这时正好小智一行人来到亚西亚岛，并在当地庆典活动中被推举扮演传说中的控制者。控制者必须到神鸟的三座岛屿中取得三种宝藏，在取宝藏的过程…
- 水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹…
- 立志成为神奇宝贝大师的小智一行人依然继续踏上旅程。这天，当小智与训练家的战斗结束之后，他们收到一封由快龙送来的神秘招待券。招待券里面写著：‘你们是最被看好、最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。’“最强的宝可梦训练家？”好奇的小智他们毫不考虑地朝向新岛的神奇宝贝城出发！当一行人到…