真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异…

主角真壁一骑所居住的龙宫岛有着平稳无波的每一天。和青梅竹马的皆城总士和远见真矢他们一同平静的生活，却突然间被破坏了。少年们视为理所当然的和平，实际上只是虚伪的幻影，他们在岛上的平静生活，不过是巧妙地制造出来的假象。袭来的敌人剥去了这层薄纱般的欺瞒之时，少年操纵着巨人，为了保护无可替代的朋友与家人，以及有着深切情感的岛屿…