活佛济公2的故事由画中仙、疯女劫、血魔出世、万应佛堂、雪女传说、木马缘、双退婚、鬼郎君、贞洁牌坊等9个单元组成。

本剧主要故事仍然围绕着济公带领广亮、赵斌等人为老百姓排忧解难、点化世人展开，穿插降龙尊者降魔除妖的神话故事。该剧分为8个单元展开，以其天雷滚滚的剧情和各种穿越的台词，以寓教于乐的方式为大家再次颠覆了“济公”这一传统形象，他和胭脂经历了重重磨难的爱情，最终没能圆满也让很多观众大感遗憾。

张映雪和刘嘉诚准备结婚时，映雪前夫洪德竟提出复婚，被映雪拒绝。映雪儿子洪亮因嘉诚疏忽而走失，两人为此产生隔阂，洪德趁机再度追求映雪。学儒医院新来外科主任高友和，医术高超，不但是嘉诚事业上的劲敌，更对映雪展开追求。嘉诚患病，前妻杨兰悉心照顾，更提出要与嘉诚破镜重圆。嘉诚的弟弟嘉佑与晓君本已重归于好，但凯文仍对晓君纠缠不清…