蜘蛛侠在经历了重重考验之后，成为了人人敬仰的正义英雄，抱得美人归。但是，光环下蜘蛛侠，也有自己的心病：他在第一集时放走了小偷导致最亲爱的叔叔被小偷杀死，帕克一直耿耿于怀。

大战绿妖之后，蜘蛛侠帕克忍痛拒绝了他唯一的挚爱玛丽，因为蜘蛛侠的身份会为自己和亲人带来巨大危险，帕克决定独立承担起蜘蛛侠的责任。帕克一直在忙于应付各种挑战：学习超能力的灵活运用；在超级英雄与平凡大学生的双重身份下隐藏自我、小心翼翼地生活等等。

经过多年的潜心研究，培顿博士（连姆·尼森 Liam Neeson 饰）终于研制出了人造皮肤，可是，这种人造皮肤有一个致命的弱点，那就是长时间的阳光照射会使它变质腐坏。一群歹徒盯上了佩顿博士的研究，为了得到这珍贵的发明，他们不惜炸毁了实验室。尽管培顿博士死里逃生，但他的全身皮肤严重毁损已成为了事实。治疗所带来的痛苦和副作用让佩顿博士…