故事的主角是一位由恶魔撒旦与人类女子所生下的名为奥村磷的男孩。在一次与收养他的藤本神父吵架的过程中，他发现自己与同为双子的弟弟奥村雪男原来不是藤本狮郎神父的儿子，而是大恶魔撒旦的私生子。与此同时，藤本神父被撒旦附身，为了保护磷而选择自杀。为了对抗自身是恶魔之子的命运，为了替藤本神父报仇，为了向撒旦证明自己的存在，燐立志…

青之驱魔师所讲述的世界由两个空间组成，并且像镜子般连为一体。人类居住的物质界为本作舞台，另外还有恶魔居住的虚无界。平常基本上无法接触或穿梭于两界之间。可是恶魔能凭依于相当的物质从而进入人类的世界。撒旦乃众魔之神，为了从人间捡回一个能抑制他的箱子，而诞下了奥村磷——他跟一人界女子的儿子。可是撒旦的密谋未能得到到磷的认同。…