A.D.1999，由坠落地球的“谜之战舰”(之后被称之为Macross)带来的Over Technology(オーバーテクノロジー)，揭示了人类历史和远古文明 Proto Culture (プロトカルチャー)之间的丝丝联系。促使人类终止彼此间的战争，一方面面对强大的异星人势力 Zentraedi(ゼントラーディ)和Proto Deviln(プロトデビルン)，用“文化的力量”寻找生存…