这一次，绝不打仗，就讲讲母港的故事——。这里是被冠以舰船之名的少女们所居住的，完全不同的世界。在各种组织们相互协助建造的学园之内，少女们愉快的共同生活即将开始！

致碧蓝航线以祝福——“碧蓝航线”的少女们，击溃了自外界入侵的神秘之敌“塞壬”的强烈攻势。然而，斗争世世代代都未曾改变。就如同人类曾经夺取海洋霸权一般，由于理念上的差异“碧蓝航线”与“赤色中轴”成为对立阵营。之後，时光流逝——