故事最早始于住在风和海的半神毛伊（道恩·强森DwayeJohso配音），他偷走了女神的特菲堤之心，导致岩浆魔鬼厄卡陷入疯狂的状态，南太平洋各小岛也面临着毁灭的威胁。一千多年后，某座小岛上的酋长女儿莫阿娜（奥丽依·卡拉瓦霍Auli'iCravalho配音）在父母的呵护下渐渐长大，童年时她曾偶然捡到特菲堤之心，亦曾受到大海的召唤，然而父亲却严厉禁…

月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J和K一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭…

布拉德是一名有着美好工作及家庭的男人，尽管如此，他还是相当羡慕老同学们比他拥有更好的命运。而在陪同儿子前往大学途中的东海岸之旅，他不得不再次面对老友们给他带来的挫败感。

第一部的5年之后，曾经的地球残疾军人杰克·萨利，如今已经是潘多拉星球纳美族一方部族的族长，并且与爱妻娜塔莉共同育有一对可爱的儿女，日子过得平淡而充实。然而某天，有个部族的兄弟在海岸附近巡逻时遭到利器割喉身亡。通过现场勘查，以及作为前海军陆战队员的敏锐直觉，杰克判断已经有人类的阿凡达混入了部落……

影片设定在《阿凡达》的剧情落幕十余年后，讲述了萨利一家（杰克、奈蒂莉和孩子们）的故事：危机未曾消散，一家人拼尽全力彼此守护、奋力求生，并历经艰险磨难。杰克和奈蒂莉组建了家庭，他们的孩子也逐渐成长，为这个家庭带来了许多欢乐。然而危机未曾消散，萨利一家拼尽全力彼此守护、奋力求生，最终来到潘多拉星球临海的岛礁族寻求庇护。岛礁…