故事讲述在儿时的那一天。父亲留下阿尼莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在阿尼莫奈小小的胸膛中。过了7年，阿尼莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在阿尼莫奈身上了。于是…

一年前的春天，切原赤也为了实现全国第一的愿望进入立海高中上学。自信满满的他进入网球部后却惨败给了二年级的幸村，真田，柳三人组。这之后，赤也没有再出现在网球部，在好友的鼓励下，斗志燃烧的赤也开始了一个人的特训。这样的赤也使得幸村回想起曾经的真田……，数日之后，赤也再次向三人发出了挑战书

诚人（松田龙平 饰）是一名在边缘挣扎的摄影师，有一天，他收到前女友静流（广末凉子 饰）的来信，信中说自己要在纽约开摄影展了。　　回忆的匣子打开了，三年前大学里两人的故事从一个美丽的橘子开始，两人的分裂却源于静流叫诚人教她摄影，原本只是单纯想融入诚人的世界的静流却显示出极高的天赋，迅速在摄影比赛中捧回新人奖，这让诚人心生嫉…

东凛大学医学院四年级学生加地大已（瑛太饰）未能如愿进入“心脏外科研究小组”，反而被法医学教授的佐川文彦（时任三郎饰）内部调动至“法医学研究小组”这个冷门小组，因文彦看中大己凡事爱问为什么的思考性格，觉得他能为死去的人发出最后的声音。大己最初不能接受，一同进入法医组的有老友、准备继承家族医院的石末亮介（生田斗真饰），因为…