2045 年，世界陷入系统性的“持续战争”中，然而公众仍未意识到人类的存亡可能掌握在 AI 手里。在神秘的“新人类”出现后，全身义体化的少校草薙素子所在的公安九课作为雇佣兵登场。由于超级大国都试图把控局面，公安九课因此进行了重组。

故事讲述在儿时的那一天，父亲留下安妮莫奈前往战场，之后成为了不归人。悔恨之情深深存留在安妮莫奈小小的胸膛中。过了7年，安妮莫奈身处父亲逝去的战场——东京。作为实验部队阿西德所执行的作战关键，安妮莫奈不得不与人类的敌人“第7个Eureka=Eureka Seven”战斗。被Eureka Seven逼入绝境的人类，已经只能把希望寄托在安妮莫奈身上了。