昭和30年，位于山口县的防府市，是一个依山傍水、空气清新的美丽所在。就读小学三年级的青木新子自幼生长在这里，她最喜欢听爷爷讲述的关于这个小町千年前古国国筑的故事。某天，一个来自大都市的转学生走入新子所在的班级。

　　就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。　　小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕…