WOWOW开台25周年企划翻拍自人气同名美剧《铁证悬案（Cold Case）》，日本版将原先故事背景由美国费城移往日本神奈川县，讲述女警石川百合（吉田羊 饰）和她的小组重新发掘，分析证据，侦破多年以前发生的种种悬而未破的罪案，将真凶绳之以法，还受害者及家属以正义的故事。

进入了明治时代，曾经的“刽子手拔刀斋”绯村剑心已经习惯了神谷道场的安宁生活。谁知就在这一天，倒幕战争时的旧友——号称维新三杰之一的大久保利通将其请去。原来继承了剑心刽子手身份的志志雄真实当年被新政府背叛，侥幸活下来的志志雄正秘密筹措称霸日本的可怕计划。

为了救神谷薰，绯村剑心纵身跃入大海，昏迷中他飘到某座小岛，最终为传授了他飞天御剑流的师父比古清十郎所救。深感到自身与志志雄真实的巨大差距，为了拯救全日本，剑心恳请师傅传授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。