闪电十一人GO第二季讲述的是十年后的故事，少年松风天马来到雷门中学作为游戏故事的开始。但在这次故事中，足球则并没有过去那么火热，而是由足球管理组织“第五部门”所管理支配，“足球已经腐烂了，足球的热情已经没有当年高了。”雷门中学作为一间足球名校，被神秘的组织第五部门所暗中盯中，足球的未来发展会怎么样呢？

　　雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍。社团活动室内聚集了一批拥有各自爱好，度过糜烂每一日的部员。　　热血足球少年的队长·円堂守激励部员们 为了明天的比赛练习吧！。其中居然有强队帝国学园那里发来的比赛邀请。但是要比赛的话还缺少4人。而且如果不参赛的话将会关系到足球部的存活。所以无论如何为了要实现与帝国学园的比赛…

系列作中的第二个剧场版动画并且同时上映2D电影和3D电影，较特别的是与第一作电影一样在12月23日上映。可以和Wii游戏‘闪电十一人 王牌前锋’连动。此外，一些于动画版中暂未登场之前代角色也会于本作登场。故事中主角松风天马及雷门足球社的伙伴们， 参加了“神圣之道”的竞赛，在进行决定中学足球第一名赛事的同时， 暗中也进行着决定下一届圣…