在遥远的未来，海贼船是一种被认可的私掠船。在这样的时代中，女高中生茉莉香一边在参与宇宙巡航部的活动，一边在咖啡厅打工。某天，一对男女突然出现在她的面前，自称是茉莉香已逝的父亲的部下，邀请她担任宇宙海贼船“弁天号”的船长。根据在一个世纪前的独立战争中发行的“私掠船只执照”，失去了船长的海贼船，其继承权将由船长的直系子孙获…

正在就读白凰女学院3年级的加藤茉莉香，是个拥有“私掠船免状”的合法宇宙海贼。她不仅是学生、宇宙艇部的部长、咖啡馆的服务员，还是宇宙海贼船·弁天丸的船长，每天都过着繁忙而充实的生活。某天，正在豪华客船上开展工作的茉莉香，在乘客名单中发现了拥有银河通行证的少年·无限彼方的名字……。少年与海贼的亚空冒险就此展开！