心中怀着新的理想告别了合众地方的同伴天桐和艾莉丝，立志成为宝可梦大师的小智带着皮卡丘来到了卡洛斯地方，在卡洛斯地方与新认识的旅行伙伴莎莉娜、希特隆、柚莉嘉三人和新的宝可梦相遇的冒险故事。

2051年，自革新者事件已过了一年。即使经历苦恼、悲伤亦持续战斗将事件解决。因而大幅度成长的山野阪，以作为阿堤密斯冠军的身份参与LBX对战。但某日，全世界的LBX突然失控并开始攻击人们，神秘的恐怖活动组织“探測者”对全世界发出宣战公布。阪痛失爱机奥丁，好朋友亚美跟和也被发现者诱拐。同时与他的新同伴大空弘、花咲兰命中注定的相遇，再…