被选为「龙神之神子」的高中生元宮あかね，和保护着她的八叶一同对抗鬼之一族。在紫阳花飞舞绽放的房间里，住著一个拥有神奇力量的女孩。看到女孩力量的鬼之首领アクラム，似乎正在打算用什么方法攻击神子及八叶……- 1996年，联合国火星基地遭不明人形兵器的袭击，火星上的美国和苏联军事基地也被摧毁。正当火星的幸存者们感到绝望的时候，一名神秘的少年驾驶着人形机器出现在了他们的面前。
- 有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。r但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。r在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏…
- 发生多起音乐家被暗杀的连续杀人事件。r被杀害的被害人，都是著名钢琴家所带领的音乐学院毕业生。r而他一手创立的音乐厅落成启用，首次特地举办音乐会特别邀请柯南一行人担任与会嘉宾。音乐会的焦点在于巴哈所弹奏的管风琴以及世界著名的小提琴“史特拉第瓦里”的音色，再加上具有绝对音感天才歌手的歌声。但是，就在音乐会活动日开始之前，陆续…