在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，…

这部主要讲述梦想和前途。同场飙技的伙伴们在高中毕业后各自工作，有的去东京打工，有的在加油站工作。故事的主人公拓海最后选择了边工作边飞车，正职是运输公司的司机，同时加入了赤诚Red Sun车队，并为“改写各地的记录，留下传说”而奋斗。

《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对…

随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

随着天人（宇宙人）的袭击，城镇和整个江户的价值观发生了改变，宇宙人、高层建筑、摩托车什么的都出现在了世界上。此时依然存在着有着不变灵魂的最后的武士，这个男人的名字是坂田银时，通称万事屋・阿银。阿银是个马虎、鲁莽并且超爱甜食的人，每天在悠哉和若无其事中度过。在与伙伴们共度的时光中，阿银过着充满着笑与泪的温暖生活。

江户时代末期， 被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗，幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响…

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，被分为银河帝国与自由行星同盟这两个拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。两国之间的抗争持续了150年，以无边无际的广袤银河为舞台，重复着无止境的战斗。银河帝国的门阀贵族社会的腐败，以及在自由行星同盟中被称为“民主主义的弊端”的群愚政治正侵蚀着两个国家。之后，宇宙历8世纪末…

就读于私立乐园高中的日日野晴矢虽然出身教会家庭，但却是一个爱惹是生非、暴饮暴食的不良少年，当然他的骨子里充满了正义和善良。正因为如此，日日野与志愿前往法国学习绘画的男孩冈本清志朗、美丽善良的女孩山奈以及游走于摇滚和机车之间的不良少年一条诚成为成为好朋友。乐园高中位处闹市中心，周边满是杀气腾腾的不良少年，日日野他们三不五…

雷门中学的足球部是一个仅有7名部员的弱小队伍，社团内聚集了一批拥有各自爱好，每天荒废度日的部员，在队长円堂守慢慢找寻包括豪炎寺修也的队员开始，雷门中学的足球力量开始壮大，故事由此展开...

打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、…