神秘的巨型拱桥状物体“龙尾”突然出现在世界各地。为了调查其真相，KERORO小队在纽约、巴黎、悉尼、东京等地展开行动。不料，TAMAMA在巴黎失踪，为了找回同伴，KERORO一行来到了法国著名的世界遗产——圣米歇尔山。- 某个优闲的日子里，冬树与KERORO小队一起去参观印加帝国遗迹—马丘比丘。他们在那里进入了一个迷宫，但Keroro粗心大意地误触了连环陷阱，大家只能赶快往前奔跑逃命。而冬树在逃跑的同时，瞥见了一个伫立在迷宫之中，一动也不动的神秘少女。冬树就这样带着对少女的疑问回到了东京，并渐渐遗忘了这个事情。然而，最强的敌人就在此时无预警的现身。…